فقدان الكتلة العضلية
على الرغم من شيوع اتباع حميات الكيتو الغنية بالدهون والفقيرة الكربوهيدرات، إلا أن هذه الحميات قد تكون ضارة بالصحة. فهي تؤدي إلى فقدان الكتلة العضلية، حتى في صفوف الأفراد الذين يمارسون رياضات القوة بانتظام. يعود ذلك إلى أن تناول البروتين بمفرده يكون أقل فعالية في بناء العضلات مقارنة بتناوله مع الكربوهيدرات بعد التمارين. بالإضافة إلى ذلك، أظهرت دراسات أن الأشخاص الذين اتبعوا أنظمة غذائية متنوعة فقدوا الوزن وكمية الدهون بنفس القدر الذي فقده أولئك الذين اتبعوا حمية الكيتو، ولكن مع تزايد فقدان الكتلة العضلية في الساقين لدى متبعي الكيتو. ومن الضروري مراعاة أن فقدان الكتلة العضلية يمكن أن يؤدي إلى آثار سلبية خطيرة بمرور الوقت، خاصة مع تقدم العمر.
ارتفاع مستوى الكيتونات في الجسم
تعتبر حميات الكيتو منخفضة جدًا في كميات الكربوهيدرات، مما يسهم في تعزيز عمليات حرق الدهون ويؤدي إلى حالة تعرف بفرط كيتونات الجسم (بالإنجليزية: Ketosis). في تلك الحالة، تستمد خلايا الجسم طاقتها من الكيتونات بدلاً من الجلوكوز. وعند ارتفاع مستويات الكيتونات، قد يحدث زيادة في حموضة الدم، مما يؤدي إلى حالة خطيرة تُعرف بالحماض الكيتوني السكري (بالإنجليزية: Ketoacidosis)، التي قد تكون مهددة للحياة.
فترة فعالية قصيرة
رغم أن حميات الكيتو يمكن أن تؤدي إلى انخفاض سريع في الوزن، إلا أن هذا الوزن غالباً ما يعود سريعاً أيضًا. يجدر بالذكر أن الكثير من الوزن المفقود في البداية يعود إلى فقدان كتلة الماء فحسب. كما يشعر الشخص بالتعب الشديد بسبب فقدان الكتلة العضلية، مما يشكل تهديداً لصحة القلب الذي هو أيضاً عضلة. بالإضافة إلى ذلك، كثيراً ما تؤدي هذه الحميات إلى شعور دائم بالجوع، مما يجعل العودة إلى الوزن السابق أمراً أكثر صعوبة بعد انتهاء الحمية. لذلك، يُوصَى بعدم اتباع هذه الأنظمة الغذائية إلا تحت إشراف مختصين.
ضغط على الكلى
تشكيل حصى الكلى هو أحد الأعراض الأكثر شيوعًا المرتبطة بحميات الكيتو، حيث إن زيادة استهلاك اللحوم والبروتينات يؤدي إلى ارتفاع مستويات الحموضة في البول، وزيادة مستويات الكالسيوم وحمض اليوريك. يمكن أن يؤدي التفاعل بين هذه المكونات إلى زيادة خطر تكوين حصوات الكلى؛ كما يُعتبر حمض اليوريك من العوامل الرئيسية المساهمة في الإصابة بالنقرس.